Juan Carlos Zofío Llorente ha participado en proyectos de investigación relacionados con Madrid y la historia urbana desarrollados en el CSIC, entre los cuales destaca la transcripción de las Actas del Ayuntamiento de Madrid entre 1561 y 1598. Su principal interés científico se ha centrado en la historia social del artesanado preindustrial. Fruto de esta línea de investigación es su libro Artesanos y gremios en Madrid, 1550-1650. La sociedad del trabajo en una ciudad cortesana preindustrial, Servicio de Publicaciones del CSIC, Madrid, 2005. También cabe señalar, entre otras publicaciones, su contribución en Historia económica de España en la Edad Moderna, Editorial Istmo, 2006; la edición en Internet del diario del platero Antonio de León Soto y recientes trabajos sobre reproducción social en el artesanado y los curtidores madrileños en la Edad Moderna: “Reproducción social y artesanos. Sastres, curtidores y artesanos de la madera madrileños en el siglo XVII”, Hispania, nº 237 (2011) y “Artesanos ante el cambio social. Los curtidores madrileños en el siglo XVII”, Cuadernos de Historia Moderna, vol. 37 (2012).